南京师范大学的研究生教育起步于20世纪50年代,著名苔藓专家陈邦杰教授招收了我校历史上第1名研究生。1978年,南京师范大学成为全国首批恢复招收研究生的高校之一。1981年,南京师范大学被国务院学位委员会批准为具有博士、硕士学位授予权的单位。1996年,南京师范大学进入国家"211工程"重点建设大学行列,研究生教育进入了一个崭新的发展时期。1997年学校成立研究生处和党委研究生工作部,主要承担和组织全校学位与研究生教育工作;2003年,改建为研究生部(党委研究生工作委员会);2011年,成立研究生院。截止到2011年12月,共授予博士学位1608名,硕士学位21570名。目前,共有在校研究生9660名,其中博士研究生963名,硕士研究生8697名(学术型研究生5690名,专业学位研究生3007名)。