南京师范大学研究生奖助体系由研究生奖学金和助学金两部分组成。其中，研究生奖学金包括国家奖学金、学业奖学金、专项（社会资助）奖学金；研究生助学金包括国家助学金，专项（社会资助）助学金、“助研、助教、助管”岗位助学金，特殊困难救助金和国家助学贷款等。
研究生国家奖学金用于奖励学业成绩特别优秀、科学研究成果显著、社会公益活动表现突出的全日制在校研究生。博士研究生奖励标准为每人每年3万元，硕士研究生奖励标准为每人每年2万元；研究生学业奖学金奖励和支持研究生更好地完成学业，硕士研究生学业奖学金一年级分两档，二、三年级分三档。文件特别强调，“硕士研究生中的推免生、‘985’高校本科毕业生和‘211’高校应届本科毕业生、入学综合成绩位列本专业前5%的学生”，第一学年可直接获得硕士一等学业奖学金，奖励标准为每人每年1.2万元；博士研究生一年级分两档，二三年级分三档。其中，“博士研究生中‘985’高校、‘211’高校应届硕士毕业生、硕博连读研究生、‘学校发展计划’入选者”，第一学年可直接获得博士一等学业奖学金，奖励标准每人每年为1.8万元；此外，学校还多方筹集专项资金，建立研究生专项（社会资助）奖学金，主要包括：校长特别奖学金、朱敬文奖学金、华藏奖学金、同曦集团助学奖学金等。
研究生国家助学金用于补助研究生基本生活支出，覆盖我校非定向全日制研究生（有工资收入者除外）。博士研究生资助标准为每生每年1.2万元，硕士研究生资助标准为每生每年0.6万元。学校还设立研究生国家助学贷款和特殊困难救助金，用于补助家庭经济特别困难、研究生生活有困难或者研究生本人发生突发重病等情况。