音乐学院的前身是音乐系,其历史非常悠久,渊源可追溯到中央大学师范学院艺术系音乐组,先后由周崇淑、陈洪任主任,学生十余人。新中国成立后,中央大学更名为南京大学,音乐组发展为音乐系,陈洪任主任。1952年全国院系调整时,该系划归南京师范学院,仍由陈洪任主任,教师9人。此后,陆续从华东师范大学撤消的音乐系及其他一些单位吸收教师,中间虽曾调走少数教师支援新建的南京艺专,但师资力量仍逐步增强,办学规模逐渐扩大,成为江苏省培养中等学校音乐师资的基地。1969年音乐系曾同美术系一道与南京艺术学院、江苏省戏曲学校合并,称"江苏省革命文艺学校"。1972年又与南艺、省戏校分开,重新归属南京师范学院。

为了进一步深化教育教学改革,强化音乐学科建设,拓展我校音乐学科发展的新领域,在反复论证的基础上,2000年1月5日,经校党委常委扩大会议讨论,决定在音乐系的基础上成立"南京师范大学音乐学院"。3月18日,学院正式挂牌成立。学院现包含"三系一部二中心",即音乐学系、音乐表演系、舞蹈编导系、音乐教育研究所、大学音乐教研部、继续教育中心和音响实验中心。
 
    建系以来,音乐系曾先后办过四年制本科、二年制专科、三年制专科和招收初中毕业生的5年制专科。1955~1961年曾招收过7届初中直升大专音乐专修科学员,1985~1991年曾实行"二·二分段制",即新生全部以专科录取,两年后经考试约60%的学生升入本科,其余作专科毕业。
 
    迄今为止,音乐学院已培养毕业生1879人。其中,"文革"前本科毕业生145人、专科毕业生627人、"工农兵学员"316人;恢复高考招生制度后本科毕业生826人、专科毕业生247人、硕士研究生34人。此外,还有各类成人教育毕(结)业生1338人,外国留学生近30人。
 
    音乐系建系至今,曾承担各级各类科研项目30余项;主编教材13部,出版专著13部,译著5部,在音乐学术刊物上发表论文300余篇。有100余人次获国家、省部级奖项。此外,还承办过全国师范院校和声学与视唱练耳教学研讨会、中国传统音乐前沿课题研讨会、江苏省艺术教育会议等多次重要的全国及全省音乐教育学术会议。
 
    音乐系自1952年建立以来,历届系主任(院长)为:陈洪、鲁兆璋、樊德林、郭锳、俞子正、陈小兵。在音乐系(学院)先后任党总支书记的有:韩玲、赵良、周庄、潘伯勋、张钰英、王长恩、徐海宁、王长恩。
 
    音乐学院现任党政领导分别是:总支书记王长恩、总支副书记顾永林;院长陈小兵、副院长有德乡、郑世连;音乐教育研究所副所长蒲亨强。
 
    学院现有教职员工70人,其中教授6人(含特聘教授2人)、副教授17人,专业教师中已获得博士学位及在职攻读博士研究生的共5人,已获得硕士学位和在职攻读硕士研究生的18人。音乐学学科为江苏省重点学科,其硕士点招收钢琴、声乐、器乐、音乐理论等4个方向的研究生。音乐教育研究所为学校的重点研究机构。学院现有全日制在读本科生319人,硕士研究生48人,继续教育学员近1000人。学院目前分随园、仙林两个校区,一共拥有12000余平方米的教学、办公用房,教师教学、学生练习用立式钢琴160余架,平台式钢琴4架,手风琴30架,中外乐器350 多件,演出用服装近1000件(套),图书资料4.5万册,音影资料6500盘(张),配有全套演出用音响设备。学院还拥有现代化的电钢琴教室、MIDI制作室、多媒体视听教学系统、计算机音乐教学系统等。
 
    学院将进一步加强学科建设,深化教育教学改革,努力拓宽办学思路,强化教学、科研两个中心的地位,以学科和学位点建设为龙头,以音乐教育为品牌,以培养人才为中心,以发展科学研究和扩大社会服务为两翼,根据音乐学科发展规律和社会需求,重新整合、全面规划学院的专业及专业方向,充分提高办学效能,提升办学档次,积极催生新的学科增长点,为创建教学科研型的新型一流师范大学作出新的贡献。