南京师范大学商科教育起源于1902年创办的三江师范学堂理财科，有着逾百年的办学历史。2001年，为适应社会经济发展和学科建设需要，以原南京师范大学经济法政学院经济贸易系、工商管理系为主体，成立南京师范大学商学院。
商学院覆盖经济学和管理学两大学科门类。2001年商学院成立时，只有企业管理、政治经济学和金融学3个硕士点，国际经济贸易和工商管理2个本科专业。经过全体教职人员十多年的努力，学院已经逐步形成了较为完备的学科体系。
2005年，学院设立“空间经济学”博士学位授权点，增设政治经济学、西方经济学等硕士授权点；
2006年，学院设立“决策学”博士授权点，增设空间经济学、决策学和工商管理硕士（MBA）授权点3个。
“十二五”期间，学院学科建设获得历史性突破，2011年获批“管理科学与工程”一级学科博士学位授权点和“应用经济学”一级学科硕士学位授权点。同时也获得了管理科学与工程、国际贸易学、区域经济学、产业经济学、金融硕士等5个新增硕士学位授权点。与此同时，在本科专业上，增设了工商管理（物流与供应链管理方向）和管理科学2个新增本科专业。2012年，工商管理专业被评为江苏省重点专业，2014年评估成绩为优秀。
2014年，学院获批“管理科学与工程”博士后科研流动站。
到目前为止，学院已拥有1个博士后科研流动站、1个一级学科博士学位授权点，1个一级学科硕士学位授权点，8个硕士二级学科招生专业，2个专业学位硕士授权点，6个本科专业（其中1个省级重点专业），已经形成较为完整的学科体系。